Τα Κέντρα Ελέγχου και Πρόληψης Νοσημάτων των ΗΠΑ, CDC, ξεκίνησαν μια κοινοπραξία για να ξεκινήσουν ένα εθνικό δίκτυο εργαστηρίων προσδιορισμού αλληλουχιών που θα επιταχύνουν την απελευθέρωση δεδομένων αλληλουχίας SARS-CoV-2 στο δημόσιο τομέα. Η ταχεία απελευθέρωση ανοιχτών δεδομένων αλληλουχίας κοραναϊού θα βοηθήσει τον οδηγό Covid-19 ανταπόκριση στη δημόσια υγεία, προώθηση της καινοτομίας και της ανακάλυψης, καθώς και της εκ των προτέρων κατανόησης αυτού και των μελλοντικών πανδημιών
Αυτός ο διαλογισμός στα Αλληλουχία SARS-CoV-2 για Ανταπόκριση, Επιδημιολογία και Επίβλεψη έκτακτης ανάγκης στη Δημόσια Υγεία (SPHERES) κοινοπραξία, η οποία θα επεκτείνει σημαντικά τη χρήση του αλληλουχία ολόκληρου του γονιδιώματος (WGS) του ιού COVID-19. Το SPHERES θα παρέχει συνεπή, σε πραγματικό χρόνο δεδομένα αλληλουχίας στις ομάδες ανταπόκρισης της δημόσιας υγείας που διερευνούν περιπτώσεις και ομάδες COVID-19 σε ολόκληρη τη χώρα.
Αυτή η νέα κοινοπραξία θα τους βοηθήσει να κατανοήσουν καλύτερα πώς εξαπλώνεται ο ιός, τόσο σε εθνικό επίπεδο όσο και στις τοπικές τους κοινότητες. Τα καλύτερα δεδομένα, με τη σειρά τους, θα βοηθήσουν τους υπαλλήλους της δημόσιας υγείας να διακόψουν τις αλυσίδες μετάδοσης, να αποτρέψουν νέες περιπτώσεις ασθενειών και να προστατεύσουν και να σώσουν ζωές.
«Οι ΗΠΑ είναι ο ηγέτης του κόσμου στην προηγμένη ταχεία ακολουθία γονιδιώματος. Αυτή η συντονισμένη προσπάθεια στα δημόσια, ιδιωτικά, κλινικά και ακαδημαϊκά εργαστήρια δημόσιας υγείας θα διαδραματίσει ζωτικό ρόλο στην κατανόηση της μετάδοσης, της εξέλιξης και της θεραπείας του SARS-CoV-2. Είμαι βέβαιος ότι τα καλύτερα, πιο εξειδικευμένα μυαλά μας συνεργάζονται για να μας βοηθήσουν να σώσουμε ζωές σήμερα και αύριο », δήλωσε ο διευθυντής του CDC Robert Redfield, MD
Παρακολούθηση του ιού COVID-19 καθώς εξελίσσεται
Τα δεδομένα γονιδιωματικής αλληλουχίας μπορούν να δώσουν άνευ προηγουμένου πληροφορίες σχετικά με τη βιολογία του SARS-CoV-2, του ιού που προκαλεί το COVID-19 και να βοηθήσουν στον καθορισμό του μεταβαλλόμενου τοπίου της πανδημίας. Με τον προσδιορισμό αλληλουχίας ιών από όλες τις Ηνωμένες Πολιτείες, το CDC και άλλες αρχές δημόσιας υγείας μπορούν να παρακολουθούν σημαντικές αλλαγές στον ιό και να χρησιμοποιούν αυτές τις πληροφορίες για να καθοδηγήσουν τον εντοπισμό επαφών, τις προσπάθειες μετριασμού της δημόσιας υγείας και τις στρατηγικές ελέγχου των λοιμώξεων.
Η κοινοπραξία SPHERES είναι μια φιλόδοξη προσπάθεια συντονισμού της αλληλουχίας του γονιδιώματος SARS-CoV-2 σε εθνικό επίπεδο, οργανώνοντας δεκάδες μικρότερες, ατομικές προσπάθειες σε ένα ενιαίο, κατανεμημένο δίκτυο εργαστηρίων, ιδρυμάτων και εταιρειών. Η κοινοπραξία συνδυάζει την τεχνογνωσία, την τεχνολογία και τους πόρους 40 κρατικών και τοπικών τμημάτων δημόσιας υγείας, πολλά μεγάλα κλινικά εργαστήρια και πάνω από δύο δωδεκάδες συνεργαζόμενα ιδρύματα σε όλη την ομοσπονδιακή κυβέρνηση, τον ακαδημαϊκό και τον ιδιωτικό τομέα.
Το SPHERES θα καθιερώσει βέλτιστες πρακτικές και πρότυπα συναίνεσης δεδομένων, θα επιταχύνει την ανοιχτή κοινή χρήση δεδομένων και θα δημιουργήσει μια ομάδα πόρων και εμπειρογνωμοσύνης που θα συμβάλει στην παροχή τεχνολογίας αιχμής στην εθνική απόκριση COVID-19.
Τα δεδομένα του SPHERES είναι ανοιχτά, κοινόχρηστα
Τα μέλη της κοινοπραξίας μοιράζονται μια δέσμευση για ταχεία ανοιχτή αλληλουχία. Σκοπεύουν να υποβάλουν όλα τα χρήσιμα δεδομένα ακολουθίας σε δημόσια αποθετήρια στο Εθνικό Κέντρο Βιοτεχνολογικών Πληροφοριών της Εθνικής Βιβλιοθήκης Ιατρικής (NLM / NCBI), την Παγκόσμια Πρωτοβουλία για την Κοινή χρήση Δεδομένων Γρίπης των Πτηνών (GISAID) και άλλα αποθετήρια δημόσιων ακολουθιών. Αυτό θα βοηθήσει να διασφαλιστεί ότι τα δεδομένα αλληλουχίας ιών από όλες τις Ηνωμένες Πολιτείες είναι ταχέως διαθέσιμα για τη λήψη αποφάσεων για τη δημόσια υγεία και είναι ελεύθερα προσβάσιμα σε ερευνητές παντού.
Τα μέλη της κοινοπραξίας περιλαμβάνουν:
Ομοσπονδιακές υπηρεσίες και εργαστήρια
Κέντρα Ελέγχου και Πρόληψης Νοσημάτων, Γραφείο Προηγμένων Μοριακών Ανιχνεύσεων
Εθνικό Εργαστήριο Argonne
Οργανισμός Υγείας Άμυνας, Παγκόσμια μολυσματική Νόσος Επιτήρηση
Υπηρεσία Τροφίμων και Φαρμάκων
Εθνικό Εργαστήριο του Lawrence Berkeley
Los Alamos National Laboratory
Εθνικό Ινστιτούτο Αλλεργίας και Λοιμωδών Νοσημάτων, Γραφείο Γονιδιωματικής και Προηγμένης Τεχνολογίας
Εθνικό Ινστιτούτο Προτύπων και Τεχνολογίας
Εθνικό Κέντρο Βιοτεχνολογίας της Εθνικής Βιβλιοθήκης Ιατρικής
Ινστιτούτο Έρευνας Στρατού του Walter Reed
Κρατικά / τοπικά εργαστήρια δημόσιας υγείας
Αριζόνα
Καλιφόρνια
Delaware
Περιφέρεια της Κολούμπια
Φλόριντα
Χαβάη
Μέιν
Μέριλαντ
Μασαχουσέτη
Μίσιγκαν
Μινεσότα
Βόρεια Καρολίνα
Βόρεια Ντακότα
Νεβάδα
Νέο Μεξικό
Νέα Υόρκη
Γιούτα
Βιργινία
Ουάσιγκτον
Ουισκόνσιν
Ουαϊόμινγκ
Ακαδημαϊκά Ιδρύματα
Πανεπιστήμιο Baylor
Πανεπιστήμιο του Cornell
Κέντρου Ερευνών Καρκίνου Fred Hutchinson
Ιατρική Σχολή του Mount Sinai
Πανεπιστήμιο της Νέας Υόρκης
Πανεπιστήμιο Βόρειας Αριζόνα
Πανεπιστήμιο του Μπάφαλο
Πανεπιστήμιο της Καλιφόρνιας, Μπέρκλεϊ
Πανεπιστήμιο Καλιφόρνιας, Ντέιβις
Πανεπιστήμιο της Καλιφόρνια, Irvine
Πανεπιστήμιο της Καλιφόρνια, Λος Άντζελες
Πανεπιστήμιο της Καλιφόρνια, Σαν Φρανσίσκο
Πανεπιστήμιο της Καλιφόρνια, Σάντα Κρουζ
Πανεπιστήμιο του Σικάγου
Πανεπιστήμιο του Maryland
Πανεπιστήμιο της Μινεσότα
Πανεπιστήμιο της Νεμπράσκα
Πανεπιστήμιο του Νέου Μεξικού
University of Washington
Πανεπιστήμιο Yale
Εταιρείες
Διαγνωστικά Abbott
bioMerieux
Χρωματική γονιδιωματική
Gingko Bioworks
IDbyDNA
In-Q-Τηλ
LabCorp
Ένας κωδικός
Τεχνολογίες Oxford Nanopore
Βιοεπιστήμες του Ειρηνικού
Qiagen
Quest Diagnostics
Αληθινά Επιστήμες Ζωής
Τα ονόματα των εταιρειών παρέχονται μόνο για ενημερωτικούς σκοπούς και η συμπερίληψή τους εδώ δεν αποτελεί έγκριση των εταιρειών ή οποιουδήποτε από τα εμπορικά προϊόντα ή υπηρεσίες τους από τα Κέντρα Ελέγχου και Πρόληψης Νοσημάτων των ΗΠΑ.
Μη κερδοσκοπικά ιδρύματα δημόσιας υγείας ή έρευνας
Ένωση εργαστηρίων δημόσιας υγείας
Bill και Melinda Gates Foundation
Broad Institute
Chan Zuckerberg BioHub
Ινστιτούτο Craig Venter
Συμμαχία για τη δημόσια υγεία για τη γονιδιωματική επιδημιολογία
Έρευνα Scripps
Το εργαστήριο του Τζάκσον
Ινστιτούτο Μεταφραστικής Γονιδιωματικής - Βόρεια
Ίδρυμα Walder
Τα τελευταία έξι χρόνια, το πρόγραμμα Office of Advanced Molecular Detection του CDC έχει επενδύσει σε ομοσπονδιακά και πολιτειακά εργαστήρια δημόσιας υγείας για να επεκτείνει τη χρήση της γονιδιωματικής των παθογόνων και άλλων προηγμένων εργαστηριακών τεχνολογιών για την παρακολούθηση των μολυσματικών ασθενειών και την απόκριση των εστιών. Η τρέχουσα επένδυση κοινοπραξίας στοχεύει να σώσει ζωές στην πανδημία SARS-CoV-2 και να προετοιμάσει τις Ηνωμένες Πολιτείες και τον κόσμο για μελλοντική αντίδραση σε πανδημία.
Για να μάθετε περισσότερα σχετικά με τη γονιδιωματική αλληλούχιση ή το έργο του CDC στην προηγμένη μοριακή ανίχνευση, επισκεφτείτε το https://www.cdc.gov/amd/
